За два года работы в новом статусе Губернский лицей уже достиг определенных результатов: каждый четвертый лицеист является победителем или призером олимпиад, форумов, конкурсов различного уровня. Значительные результаты показали лицеисты в областных предметных олимпиадах. 10 учащихся лицея стали победителями и призерами межрегиональных олимпиад школьников. Ученица 9хб класса Ольга Ушкина стала призером Всероссийской олимпиады по биологии.
В апреле-мае 2012 года Губернский лицей выступил организатором Второй губернской естественно-научной олимпиады «Весенниада». 1962 школьника из 6-8 классов г.Пензы, г. Заречного, и из районов Пензенской области получили возможность проверить свои знания по предметам основных профилей лицея. Первый тур был заочным, по его результатам учащиеся приглашались для участия в очном туре. Все участники очного тура получили на память значок с логотипом олимпиады, а победители и призеры награждены ценными призами.
На базе Губернского лицея во время каникул регулярно проводятся областные олимпиадные сборы, в которых участвуют до 150 детей из Пензы и области. В течение нескольких дней учащиеся обучаются у лучших учителей и преподавателей вузов. Дети посещают занятия на кафедрах университетов, для них организуются уроки-практикумы. Занятия проводятся в две смены. Вечером досуг детей занят психологическими тренингами, спортивными соревнованиями, экскурсиями, дискотеками.
В 2012-13 учебном году Министерство образования Пензенской области на базе Губернского лицея-интерната для одаренных детей открывает естественно-научный образовательный центр (ЕНОЦ) по предметам естественно-математического цикла. В ЕНОЦ смогут обучаться дети из всех общеобразовательных учреждений Пензенской области. Работа ЕНОЦ даст новый толчок развитию естественно-научного образования в Пензенской области, позволит эффективно осуществлять непрерывную подготовку и развитие интеллектуально одаренных детей, будет содействовать созданию творческих педагогических коллективов, готовящих детей к участию в олимпиадах разного уровня.
Лицей входит в состав Школьной лиги Роснано. Претворять в жизнь идеи по развитию нанотехнологий в школе лицеистам помогает система занятий с преподавателями факультета естественных наук, нанотехнологий и радиоэлектроники ПГУ. Лицеисты активно участвуют в научных мероприятиях в области нанотехнологий (молодежная образовательная школа-семинар «Индустрия микро- и наносистем», научно-практические конференции и др.). Команда лицея успешно выступила на Фестивале инноваций и высоких технологий, завоевав призовые места.
В сфере профильного обучения по информатике лицей вышел на международный уровень сотрудничества: занятия с лицеистами по ИКТ ведет преподаватель из Израиля Фрайман В.М. На базе лицея проводились областные семинары для учителей информатики с участием специалистов из Израиля. С сентября 2010 года лицей выступает в качестве экспериментальной площадки по реализации программы по компьютерным технологиям «Углубленное изучение информационных технологий в школе. Программирование на Java», разработанной совместно с израильскими учеными.
Лицей является региональной площадкой олимпиады по математике Самарского университета «САММАТ», «Турнира М.В.Ломоносова», всероссийского интеллектуального форума-олимпиады по нанотехнологиям «Нанотехнологии – прорыв в будущее». На базе лицея проводились заочные туры Московской олимпиады по физике, олимпиады Физико-технического института, отборочные туры школы Н. Колмогорова (специализированного учебно-научного центра МГУ им. М.В.Ломоносова).